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AMD, COVID-19 HPC 펀드로 코로나19 연구 위한 슈퍼컴퓨팅 클러스터 지원 나선다
홍진욱 기자  |  honga@newstap.co.kr
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승인 2020.06.04  11:54:08
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AMD가 기술 파트너 펭귄 컴퓨팅(Penguin Computing Inc.)과 함께 AMD COVID-19 HPC 펀드를 통해 뉴욕 대학교(NYU), 매사추세츠 공과대학교(이하 MIT), 라이스 대학교(Rice University)에 COVID-19(이하 코로나19) 연구를 위한 AMD 프로세서 기반 고성능 컴퓨팅 시스템을 제공한다고 밝혔다. 또한, AMD는 펭귄 컴퓨팅에 AMD EPYC 및 AMD 라데온 인스팅트(Radeon Instinct) 탑재 클라우드 기반 시스템을 기증, 신청자들에게 연구를 위한 원격 슈퍼컴퓨팅 기능을 제공한다고 밝혔다. AMD가 기증한 시스템은 COVID-19 연구자들에게 통합 7 페타플롭스 이상의 컴퓨팅 성능을 지원할 예정이다.

   
▲ 2세대 AMD EPYC 프로세서

AMD CEO 리사 수(Lisa Su) 박사는 “고성능 컴퓨팅 기술은 특정 바이러스에 대한 이해를 돕고, 치료법과 백신 개발을 가속화하는 등 현대 바이러스 연구에서 중요한 역할을 한다”며, “AMD와 기술 파트너들은 코로나19에 대응하는 컴퓨팅 능력을 향상시키고 미래 의학 연구를 지원하는 새로운 시스템을 전 세계 연구자들에게 제공하게 된 것을 자랑스럽게 생각한다”고 밝혔다.

수혜 대학들은 새로운 컴퓨팅 기능을 유전체학, 백신 개발, 감염학, 모델링 등 전염병 관련 워크로드 전반에 걸쳐 활용할 예정이다. 코로나19 연구를 수행하는 전 세계 과학자들은 별도의 이메일(COVID-19HPC@amd.com)로 연구 계획서를 제출해 펭귄 컴퓨팅의 AMD 프로세서 기반 원격 클라우드 HPC 클러스터에 대한 접근을 요청할 수 있다.

대학 연구 프로그램 지원
AMD 프로세서 기반 고성능 컴퓨팅 시스템을 제공받는 대학들은 장단기 연구 계획과 인프라를 준비하고, 새로운 시스템으로 이를 구체화하고 있다.

뉴욕 대학교
뉴욕 대학교 쿠란트 수학연구소(Courant Institute of Mathematical Sciences) 러셀 카플리쉬(Russel Caflisch) 소장은 “코로나19대유행의 전개는 고등 교육기관이 연구를 통해 빠르게 극복 방안을 마련해야 한다는 교훈을 남겼으며, AMD의 시스템 기증은 매우 시의적절했다”며, “본교 연구원들은 AMD의 컴퓨팅 자원을 향후 변종 코로나 및 사스 바이러스 치료용 약물 개발, 방대한 양의 생물 의학 관련 연구 결과 검색, 환자 검사 결과 분석, 그리고 경제 위기 속 유권자들의 정치적 태도와 투표 성향 분석에 활용할 것”이라고 밝혔다.

매사추세츠 공과대학교
MIT 슈워츠먼 컴퓨팅 대학(Schwarzman College of Computing) 학과장 다니엘 허튼로쉐르는 “우리는 모델링, 테스트, 치료와 같은 단기적 목적에서부터 새로운 치료법과 백신 개발 같은 중장기적 목표를 포함해 코로나19 해결을 위한 연구 전반에 참여하고 있다”며, “AMD가 제공한 높은 페타플롭스 성능의 고성능 컴퓨팅 시스템은 대부분의 연구 과정에서 유용하게 사용될 것”이라고 밝혔다.

라이스 대학교
라이스 대학교 이론 생물물리학 센터(Center for Theoretical Biological Physics) 연구원 호세 오누쉬크(José Onuchic)는 인플루엔자 A 관련 예전 연구를 참고하여 코로나바이러스 표면 단백질이 어떻게 인간 세포에 침투하는지 연구하고 있다. 또 다른 과학자인 피터 울린스(Peter Wolynes)는 그가 제시한 단백질 접힘 관련 기초 이론의 원칙을 활용해 수천 개의 약물 분자를 검사하고 그들이 바이러스 표면의 단백질과 결합하는지 확인해 임상 실험에 가장 적합한 후보들을 가려내고 있다.

라이스 대학교 와이스 자연과학대학 피터 로스키(Peter Rossky) 학과장은 “AMD의 선물은 코로나19 연구에 활용되는 라이스 대학교의 컴퓨팅 성능에 큰 변화를 제공할 것”이라며 “코로나19 연구와 같이 크고 복잡한 연구는 고도의 계산 능력을 필요로 한다. 본교의 컴퓨팅 성능을 향상시키는 AMD의 기여는 코로나19 치료법 개발을 가속화하는 게임 체인저가 될 것”이라고 밝혔다.

AMD 생태계 파트너
AMD는 HPC 및 AI 솔루션으로 유명한 펭귄 컴퓨팅과의 협력을 통해 AMD 프로세서 기반의 온프레미스 시스템과 펭귄 POD(Penguin’s Penguin on Demand) 클러스터를 정의, 구축 및 제공했다. 펭귄 컴퓨팅의 POD는 데이터뱅크(DataBank)가 기부한 데이터센터 공간에 구축될 예정이다. 펭귄 컴퓨팅과 더불어 엔비디아(NVIDIA), 기가바이트(GIGABYTE) 등 여러 파트너사들 또한 기부를 통해 AMD HPC Fund의 코로나19 연구 지원에 힘을 보태고 있다.

펭귄 컴퓨팅 대표 시드 메이어(Sid Mair)는 “펭귄 컴퓨팅은 AMD와의 협업을 통해 코로나19 연구를 지원하고 기여할 수 있기를 고대하고 있다”며, “우리는 고성능 컴퓨팅, 인공지능 및 데이터 분석 분야의 애플리케이션과 전문성을 대학교 내 온프레미스와 자사의 원격 POD 클라우드 환경을 통해 제공하기 위해 최선을 다하고 있다”고 밝혔다.

엔비디아 멜라녹스(Mellanox) 네트워킹 마케팅 부문 수석 부사장 길라드 셰이너(Gilad Shainer)는 “초고속 데이터 속도와 스마트 데이터 처리는 지금과 같은 어려운 시기에 과학적 인사이트를 전달하는데 핵심적인 역할을 한다”며, “엔비디아 멜라녹스 HDR 200 기가비트 인피니밴드(NVIDIA Mellanox HDR 200 gigabit InfiniBand) 솔루션은 높은 데이터 처리량, 초저지연성, 그리고 생물과학 시뮬레이션과 코로나바이러스 치료법 개발을 가속화하는 애플리케이션 오프로드 엔진을 제공한다”고 밝혔다.

기가바이트는 8개의 라데온 인스팅트 MI50 GPU 가속기와 한 개의 48코어 AMD EPYC 7642 프로세서로 구성된 펭귄 컴퓨팅 클러스터에 G290-Z21 컴퓨팅 노드를 공급하고 있으며, 시스템에 사용되는 기가바이트 R182-291 관리 노드 또한 각각 두 개의 16코어 AMD EPYC 7302 프로세서를 탑재하고 있다.

AMD의 COVID-19 HPC 펀드는 컴퓨팅 자원 제공을 통해 연구기관들의 코로나19 및 타 질병에 대한 의료 연구를 가속화하기 위해 설립됐다. COVID-19 HPC 펀드는 초기 1500만 달러 상당의 고성능 컴퓨팅 시스템 기부로 시작해 로렌스 리버모어 국립 연구소(Lawrence Livermore National Laboratory) 소재 코로나 고성능 컴퓨팅 시스템 성능을 약 두 배 가까이 증가시키는 기술과 자원들을 제공해왔으며, AMD가 제공한 기술과 자원들은 코로나19 연구를 위한 분자 모델링에 필요한 컴퓨팅 파워를 제공하고 있다.

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